Ylioppilaskunnan hallinto- ja toimeenpanovaltaa käyttää edustajiston valitsema hallitus, jonka toimikausi on kalenterivuosi. Hallitus hoitaa ylioppilaskunnan juoksevia asioita sekä vastaa toimintasuunnitelman toteuttamisesta. Hallitus edustaa ylioppilaskuntaa ulospäin, valvoo ylioppilaskunnan hallintoa sekä käyttää yleistä toimeenpanovaltaa ylioppilaskunnan sääntöjen ja edustajiston päätösten asettamissa rajoissa. Kaikesta toiminnastaan hallitus vastaa edustajistolle. Hallituksen jäsenillä on kullakin yksi tai useampi sektori, jonka toiminnasta he vastaavat. AYY:n hallitus 2013 järjestäytyi ensimmäisessä kokouksessaan 9.1. seuraavasti:
- Piia Näränen: puheenjohtaja
- Jori Jämsä: varapuheenjohtaja
- Perttu Karjalainen: koulutuspolitiikka, opintoasiat ja kansallinen edunvalvonta, talous
- Henna Hietanen: kulttuuri ja vapaaehtoiset
- Jani Laamanen: asuminen
- Ilmi Salminen: koulutuspolitiikka, Aalto-yliopisto, kampusasiat
- Tuukka Pykäläinen: viestintä ja järjestöasiat
- Mariko Landström: kansainväliset asiat
- Tuisku Suomala: yrityssuhteet
- Laura Euro: sosiaalipolitiikka ja liikunta
Hallituksen jäseniin voi olla yhteydessä esimerkiksi sähköpostilla. Osoitteet ovat muotoa etunimi.sukunimi@ayy.fi.