Aalto-yliopiston ylioppilaskunnan juuret ovat Helsingin kauppakorkeakoulun, Taideteollisen korkeakoulun ja Teknillisen korkeakoulun ylioppilaskunnissa. Kun kolme yliopistoa yhdistyivät 1.1.2010 Aalto-yliopistoksi, yhdistyivät samalla näiden yliopistojen ylioppilaskunnat uudeksi Aalto-yliopiston ylioppilaskunnaksi (AYY). Ylioppilaskuntien yhdistymistä sekä AYY:n toiminnan aloittamista valmisteltiin useita vuosia ennen varsinaista yhdistymistä.

22.–24.4. 2009 pidettiin ensimmäiset AYY:n edustajistovaalit, jossa valittu ensimmäinen edustajisto toimii vuoden 2011 vaaleihin asti. Vaalikampanjointi oli innokasta ja ehdokkaita ilmoittautui kisaan noin 450. Myös äänestysprosentit olivat ennätysmäisiä ylioppilaskunnan vaaleissa. Keskimääräinen äänestysprosentti oli noin 35 %.

Syksyllä 2009 AYY:n valmistelun toimeenpanevaksi elimeksi perustettiin hallitukseen verrattava johtoryhmä. Johtoryhmän merkittävimpiä projekteja olivat talousarvio, toimintasuunnitelma, tunnustyö, rekrytointikampanja hallitukseen hakeville ja talousjohtajan rekrytointi.